حضرت دستور مىداد كه آن را جزء كدام سوره كه سابقا نازل گرديده و بعد از كدام آيه قرار دهند . ترتيب آيه‌ها در يك سوره توقيفى است يعنى جائز نيست ترتيب آن را برهم زد مثلا در سوره حمد إِيَّاكَ نَعْبُدُ وَ إِيَّاكَ نَسْتَعِينُ مقدم است بر اهْدِنَا الصِّراطَ الْمُسْتَقِيمَ پس اين دو آيه به همين ترتيب نازل شده عكس آن جائز نيست اما ترتيب سوره‌ها در مصحف باينكه سوره بقره مقدم بر آل عمران و آن مقدم بر نساء باشد و هكذا براى كسى بوده كه سوره‌ها را در مصحف جمع كرده لذا نقل مىكنند در بعضى مصاحف ديگر ترتيب سور به غير اين بوده چنان كه در مصحف عبد الله بن مسعود نساء بر آل عمران مقدم بوده و مصحف امير المؤمنين ( ع ) به ترتيب نزول بوده يعنى هر سوره كه مقدم نازل شده مقدم نوشته شده است . فصل 3 در مسأله تحريف و نقصان نسخ تلاوت - نسخ تلاوت عبارت از اين است كه آيه يا سوره نازل شده و جزء قرآن باشد و خود حضرت پيغمبر ( ص ) فرموده باشد آن را از قرآن برداريد و تلاوت آن را جزء قرآن بامر الهى نسخ كند عقلا جائز است چنان كه علامه ( ره ) در نهاية الاصول از اكثر علماى عامه نقل نموده ولى در اينكه آيا چنين امرى واقع شده يا نشده خلاف است و بدليل قطعى يعنى نقل متواتر ثابت نشده و اگر شده باشد نيز اشكالى از هيچ جهت نيست . تحريف يعنى نقل آيه از محل خود بمحلّ ديگر يا تغيير دادن بعضى كلمات به بعضى ؛ على بن ابراهيم بسيارى از اين قبيل شمرده است مثل اينكه وَ اجْعَلْنا لِلْمُتَّقِينَ إِماماً را مىگويد در اصل و اجعل لنا من المتقين اماما بوده و كُنْتُمْ خَيْرَ أُمَّةٍ أُخْرِجَتْ لِلنَّاسِ در اصل كنتم خير ائمة اخرجت للناس است و در سوره فاتحه صِراطَ الَّذِينَ أَنْعَمْتَ عَلَيْهِمْ صراط من انعمت عليهم بوده و مىگويد أَ تَسْتَبْدِلُونَ الَّذِي هُوَ أَدْنى در سوره بقره تتمه دارد كه از آن جدا كرده و در سوره مائده نوشته‌اند قالُوا يا مُوسى إِنَّ فِيها قَوْماً جَبَّارِينَ الخ